横から失礼します。
私も数年前にビザ申請中に同じ疑問にぶつかりまして色々調べたところ、結婚している場合はMarried filing separatelyで必ず申告するとのことです。SSNとITINの欄に関しましては方法は2通りあって、1つ目はW7という書類を申請し日本住みのパートナーのITINを取得する方法、2つ目はオンラインでの申請はせずSSN・ITINの欄にNRA(Non Resident Alian)と記載し書類を郵送で申告する方法、とのことでした。ITINは1度取得するとその後毎年使えるので次の年からはオンラインでの申告に使えるようですが、申請の際に日本でUSの税金関係の書類の手続きを行っている機関を探してにW7を委託しなければいけない＆申請しても番号が支給されるまで数か月かかることもある、とのことでした。手間＆時間を考えると1番楽なのは郵送する方法かと思います。
私たち夫婦も結婚して最初の2年間日本とアメリカで離れて暮らしておりましたので、私の主人もその2年間は神の書類をIRSに郵送で申告していました。ご参考までに。
