上記の質問ですが、自己解決しました。
IRSのウェブサイトにあるFree Fileというefileできるサイトで、Married filing separatelyでSSN無しでefileすることができました。数時間後にapproveされました。
State Taxのほうは私の州では州のサイトのefileできるサイトではMarried filing separatelyはSSNがないと先に進めなかったので、こちらは紙に印刷して郵送しようと思ってます。その州のサイトで用紙はダウンロードできました。
